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Entré au service de l'Université de Montréal en 1970, Michel Lespérance y occupe successivement les postes d'adjoint au secrétaire général, secrétaire général adjoint, adjoint au vice-recteur à l'administration et, par la suite, secrétaire général.
Diplômé en droit, puis reçu au barreau en 1967, Michel Lespérance obtient par la suite un diplôme en sciences administratives de l'École des hautes études commerciales, en 1971. Il commence sa carrière comme avocat dans les études de Lacroix, Viau et associés, puis de Gélinas, Bourque et associés.
Le secrétaire général travaille dans l'ombre, mais ses lumières guident le développement de l'Université; il est le gardien de l'histoire et de l'autorité morale de l'établissement. Relevant du recteur, il est un membre à part entière de la direction générale de l'Université. En sa qualité de secrétaire général, Michel Lespérance a été responsable du Secrétariat des instances, du Bureau des affaires juridiques et de la Division des archives.
En collaboration avec René Laperrière, il a publié une étude sur la maxime Res ipsa loquitur et son application dans la jurisprudence québécoise. Il est coauteur du Guide pour la présentation et la rédaction des procès-verbaux, publié par le Secrétariat général de l'Université de Montréal, et l'auteur principal d'un ouvrage intitulé Guide de procédure des assemblées délibérantes, largement diffusé. De plus, il est l'un des principaux intervenants dans la conception et la réalisation de l'album historique L'Université de Montréal : la quête du savoir.
Michel Lespérance a aussi occupé des postes de haute responsabilité hors des murs de l'Université. Il a été président et vice-président du Groupe international des secrétaires généraux des universités francophones pendant de nombreuses années.
Depuis novembre 2005, il est secrétaire au Conseil consultatif de régie administrative de l'Autorité des marchés financiers. Il est également membre depuis quelques années du Conseil arbitral de Montréal, qui voit à l'application de la Loi sur l'assurance-emploi.